Les missions principales de l'APADIME sont de :
- Lutte contre la criminalité environnementale transnationale
- Renforcer la résilience des communautés forestières locales contre la traite et l'exploitation des populations autochtones
- Protéger les droits humains, ceux des populations autochtones, des personnes déplacées, des migrants environnementaux, en mettant l'accent sur les femmes .